甲供材情况下，甲方缴纳增值税的方式主要依据其选择的计税方法以及是否为增值税一般纳税人。以下是对甲方如何缴纳增值税的详细解答：

一、计税方法的选择

1. 一般计税方法：

   • 适用条件：甲方如果为增值税一般纳税人，并提供建筑服务，可以选择此方法。
   • 销售额计算：销售额为取得的全部价款和价外费用。
   • 应纳税额计算：应纳税额 = 当期销项税额 - 当期进项税额；销项税额 = 销售额 × 9%税率。
   • 发票开具：甲方需按照9%的税率向施工单位（乙方）开具增值税专用发票或普通发票。

2. 简易计税方法：

   • 适用条件：特别适用于甲方为甲供工程提供的建筑服务，或建筑工程总承包单位为房屋建筑的地基与基础、主体结构提供工程服务，且自行采购全部或部分钢材、混凝土等材料的情形。
   • 销售额计算：销售额为取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额。
   • 应纳税额计算：应纳税额 = 销售额 × 3%（或特定优惠期间的1%）征收率。
   • 发票开具：甲方需按照3%（或特定优惠期间的1%）的征收率向施工单位开具增值税专用发票或普通发票。
   • 报备流程：需通过网上办税系统完成报备，并上传相关合同、协议书。

二、特别注意事项

• 小规模纳税人：如果甲方为小规模纳税人，则适用简易计税方法，征收率为3%（或特定优惠期间有调整）。
• 纳税义务发生时间：对于建筑业，如果采取预收款方式，收到预收款时即为增值税纳税义务发生时间。如果“甲供材”被视为预付款，则在取得时应缴纳增值税。
• 税收政策依据：主要依据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）及相关附件规定。

三、缴纳流程

1. 确定计税方法：根据甲方的纳税人身份和提供的服务类型，选择合适的计税方法。
2. 计算销售额和应纳税额：按照所选计税方法的规定，计算销售额和应纳税额。
3. 开具发票：根据计算出的税额，向施工单位开具相应税率的增值税专用发票或普通发票。
4. 申报缴纳：在规定的纳税期限内，通过电子税务局或其他税务申报系统，提交纳税申报表并缴纳应纳增值税额。

综上所述，甲方在甲供材情况下缴纳增值税时，需根据自身的纳税人身份和提供的服务类型选择合适的计税方法，并严格按照税法规定计算销售额、应纳税额以及开具发票。同时，还需密切关注税收政策的变化，确保税务处理的准确性和合规性。