电动车上牌时收走合格证，主要是出于以下几个原因和考虑：

首先，合格证是电动车的重要法定证件，它证明了电动车已经通过了国家的相关质量标准检测，并符合上路行驶的基本要求。在电动车上牌过程中，相关部门需要对电动车进行一系列的审核和登记，包括车辆的型号、规格、生产厂家等信息，而这些信息都包含在合格证中。因此，收走合格证是为了确保电动车的合法性和合规性，以及方便后续的管理和监管。

其次，合格证也是电动车质量保障的重要凭证。如果电动车在后续使用过程中出现质量问题或安全事故，合格证可以作为追溯责任的重要依据。因此，将合格证收走并存档，有助于保护消费者的合法权益，确保电动车的质量和安全。

此外，在一些地区，电动车上牌还需要进行车辆的现场核验。在这个过程中，工作人员会核对电动车的实物与合格证上的信息是否一致，以确保车辆的真实性和合法性。因此，收走合格证也是为了方便现场核验工作的进行。

需要注意的是，虽然合格证在电动车上牌过程中被收走，但相关部门会妥善保管并存档。车主如果需要查询或复印合格证，可以向相关部门提出申请，并按照相关规定办理相关手续。

综上所述，电动车上牌时收走合格证是为了确保电动车的合法性和合规性、方便后续的管理和监管、保护消费者的合法权益以及方便现场核验工作的进行。车主应该积极配合相关部门的工作，按照要求提供所需的证件和材料。