新车上牌合格证在上牌过程中通常会被车管所收走并存档。以下是关于这一问题的详细解释：

1. 合格证的作用：新车合格证是汽车的一个重要凭证，也是汽车上户时必备的证件。它证明了车辆符合国家相关标准和规定，是车辆合法上路的必要条件。

2. 上牌流程中的合格证：在车辆上牌过程中，车主需要提交一系列证件和资料，包括新车合格证。车管所会对这些证件进行审核，以确保车辆的合法性和合规性。审核通过后，车管所会将合格证收走并存档，作为车辆档案的一部分。

3. 存档后的合格证：合格证被车管所收走后，会作为车辆档案的重要组成部分被长期保存。这有助于车管所对车辆进行管理和监督，确保车辆的合法性和安全性。

综上所述，新车上牌合格证在上牌过程中会被车管所收走并存档。这是车辆上牌流程中的一项正常操作，车主无需担心。如有其他关于车辆上牌或相关法律问题，可直接向我咨询。