针对“母子户口不在一起是否可以合并”的问题，首先需要明确的是，户口合并通常涉及到户籍迁移或变更，这一般需要遵循当地的户籍管理规定。在我国，不同地区的户籍政策可能存在差异，因此具体能否合并以及如何合并，需要依据当地的政策来确定。

一般原则

1. 户籍管理规定：户口的合并、迁移或变更通常受到严格的户籍管理规定约束，这些规定可能因地区而异。
2. 亲子关系证明：如果母子户口不在一起，但希望合并，通常需要提供亲子关系证明，如出生证明、户口本上的关系记载等。
3. 符合政策要求：合并户口需要符合当地户籍政策的要求，比如可能涉及到迁移户口的条件、流程等。

具体操作建议

1. 咨询当地派出所：由于户籍政策存在地区差异，最直接且准确的方式是咨询当地的户籍管理部门（通常是派出所），了解具体的合并流程和要求。
2. 准备相关材料：根据当地派出所的指导，准备必要的材料，如亲子关系证明、双方户口本、身份证等。
3. 按照流程办理：遵循当地派出所给出的流程和要求，逐步完成户口合并的办理。

特别注意

• 政策变动：户籍政策可能会随时间而变动，因此在办理前务必确认最新的政策要求。
• 地区差异：不同地区的户籍管理规定可能存在显著差异，因此不能简单地将一个地区的政策套用到另一个地区。

综上所述，母子户口不在一起是否可以合并，以及如何合并，需要依据当地的户籍管理规定来确定。建议直接咨询当地派出所或户籍管理部门，以获取最准确、最权威的信息和指导。