对于母亲起诉儿子但双方不在同一户口的情况，首先我们要明确的是，户口问题并不直接影响诉讼的进行。户口只是居民在行政管理上的登记，而诉讼则是基于法律关系和事实来判定权利与义务。因此，即使母子不在同一户口，母亲仍然有权对儿子提起诉讼。

接下来，关于如何具体操作，以下是一些建议：

1. 明确诉讼类型和管辖法院：

   • 首先，需要确定诉讼的类型（如民事诉讼、刑事诉讼等）以及相应的管辖法院。
   • 管辖法院通常根据被告的住所地、经常居住地或者诉讼标的等因素来确定。

2. 准备诉讼材料：

   • 根据诉讼类型，准备相应的起诉状、证据材料等。
   • 证据材料应包括但不限于书证、物证、证人证言、视听资料等，以证明自己的主张。

3. 提交诉讼材料：

   • 将准备好的诉讼材料提交给有管辖权的法院。
   • 提交方式可以是亲自到法院立案庭提交，也可以通过邮寄、电子诉讼平台等方式提交。

4. 参与诉讼过程：

   • 在诉讼过程中，按照法院的要求参与庭审、调解等程序。
   • 如需委托律师代理诉讼，应提前办理委托手续。

5. 关注户口问题对诉讼的潜在影响：

   • 虽然户口问题不直接影响诉讼的进行，但在某些特定情况下（如涉及财产分割、抚养权争议等），户口可能与诉讼结果有一定的关联。
   • 因此，在诉讼过程中应关注户口问题可能对诉讼结果产生的潜在影响，并据此调整诉讼策略。

总之，即使母子不在同一户口，母亲仍然有权对儿子提起诉讼。在诉讼过程中，应明确诉讼类型和管辖法院，准备充分的诉讼材料，并积极参与诉讼过程。同时，也要关注户口问题可能对诉讼结果产生的潜在影响。