总公司与分公司的所得税合并申报，即汇总纳税，是一个涉及多个步骤和细节的过程。以下是对这一过程的详细解答：
首先，要明确分公司所选择的税务核算模式。分公司税务核算模式主要分为独立核算和非独立核算两种。
独立核算：
- 分公司在税务上属于独立状态。
- 分公司不可享受小微企业的企业所得税优惠政策。
- 分公司需按照盈利部分的25%缴纳企业所得税。
非独立核算：
- 企业所得税需做汇总缴纳备案，统一由总公司申报。
- 总公司会与分公司财务报表进行合并申报。
- 若总公司为小微企业，盈利300万以内按5%缴纳企业所得税，盈利超过300万则全额按25%缴纳；若总公司非小微企业，则分公司与总公司均按25%缴纳企业所得税。
接下来，详细阐述非独立核算模式下的合并申报步骤：
一、前期准备与税务登记备案
- 资料收集：全面收集总公司及各分支机构的财务报表、会计账簿等财务资料。
- 确定汇总纳税资格：判断总公司及分支机构是否符合跨地区经营汇总纳税条件。
- 税务登记：总公司及分支机构需及时到当地税务机关办理税务登记，并提交相关证明文件。
二、合并计算应纳税所得额与分摊税额
- 统一计算：汇总总公司及各分支机构的收入、成本等财务数据，计算应纳税所得额。
- 考虑税收差异：注意地区税收政策差异及税收优惠情况，进行税务筹划。
- 计算分摊比例：根据分支机构营业收入、职工薪酬和资产总额计算分摊比例，汇总计算的企业当期应纳所得税额50%由总机构分摊缴纳，50%在各分支机构间分摊。
三、申报与缴纳税款
- 总公司申报：月度或季度终了后15日内报送预缴纳税申报表，年度终了后5个月内报送年度纳税申报表。
- 分支机构申报：月度或季度终了后15日内向所在地税务机关报送预缴纳税申报表并缴纳税款，年度终了后不进行汇算清缴。
四、注意事项
- 确保数据准确性，避免税务风险。
- 关注税务机关反馈，及时缴纳税款。
- 建议咨询专业税务顾问，确保合规并降低税负。
综上所述，总公司与分公司的所得税合并申报是一个复杂而细致的过程，需要遵循严格的程序和规定。通过正确的合并申报，企业可以有效降低税负并确保税务合规。