关于分公司是否与总公司合并纳税的问题，这确实是一个涉及多个税收法规和实际操作层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确分公司的法律地位。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司并不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这一法律地位决定了分公司在税务处理上通常与总公司紧密相关。

接下来，我们区分不同税种来具体分析：

1. 企业所得税：

   • 在一般情况下，如果分公司不具备独立核算的条件，或者总机构和分支机构位于同一县（市），那么分公司的企业所得税应与总公司合并计算缴纳。
   • 如果分公司具备独立核算的条件，并且总机构和分支机构不在同一县（市），那么分公司需要单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。但值得注意的是，即使在这种情况下，也存在经国务院财政、税务主管部门或其授权的财政、税务机关批准后，总机构可以向总机构所在地的主管税务机关汇总申报纳税的可能性，这包括分公司的企业所得税。

2. 增值税：

   • 增值税的纳税方式通常是在业务发生地缴纳。分公司作为独立的增值税纳税主体（无论是否独立核算），通常需要在其所在地进行增值税的申报和缴纳。
   • 一般情况下，分公司不得与总公司合并缴纳增值税，因为增值税的纳税义务人是基于经营活动的实际发生地来确定的。但在某些特殊情况下，如经财政部和国家税务总局批准的总机构试点纳税人及其分支机构，可以按照相关规定进行增值税的汇总纳税。

此外，还需要考虑实际操作与税务规定：

• 总公司和分公司应严格遵守相关税收法律法规和当地税务机关的规定，确保纳税合规。
• 如需合并纳税（特别是企业所得税方面），应获得相关税务部门的批准，并按照规定的程序进行操作。
• 不同地区的税收政策可能有所不同，总公司和分公司需根据所在地的具体规定准确履行纳税义务，以避免税务风险。

综上所述，分公司是否与总公司合并纳税取决于多种因素，包括分公司的法律地位、税务登记情况、经营情况以及是否获得相关税务部门的批准等。因此，在具体操作中，建议您咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取准确和具体的指导。