公司员工工资个税报过后用微信转账发工资，这一行为本身并不直接构成违法，但存在潜在的法律风险和不合规之处。具体分析如下：

1. 合法性分析：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，并未明确禁止用人单位使用微信转账的方式支付工资。因此，从法律条文的角度来看，微信转账发工资并不直接违法。
   • 然而，合法性还取决于双方劳动合同的约定以及实际执行过程中是否遵守了相关法律法规。如果劳动合同中有明确约定，且双方均无异议，那么微信转账可以作为工资支付的一种方式。

2. 潜在法律风险与不合规之处：

   • 税务风险：使用微信转账支付工资可能会增加税务管理的复杂性。如果公司未按照正规财务流程进行工资支付和税收申报，可能会面临税务部门的处罚。因此，公司应确保所有支付行为都符合税收法律法规的要求。
   • 劳动者权益保护：微信转账记录可能不如银行转账记录那样正式和可追溯。在发生劳动纠纷时，这可能会给劳动者带来举证困难。因此，公司应提供清晰的工资条，并确保工资支付记录的清晰、完整和可查询性。
   • 财务规范与审计风险：使用微信转账支付工资可能会影响公司财务管理的规范性。为防范审计风险，公司应确保所有工资支付行为都有据可查，且符合相关会计法规的要求。

3. 建议与措施：

   • 明确约定：建议在劳动合同中明确约定工资支付方式，包括是否可以使用微信转账以及相关的操作流程和注意事项。
   • 合规操作：公司应遵守相关法律法规和财务管理制度，确保工资的合法、安全、准确支付。同时，应建立完善的工资支付和记录保存机制。
   • 风险防范：为防范潜在的法律风险，公司可以考虑采用更为正式和可追溯的支付方式，如银行转账等。如果确需使用微信转账，应确保转账记录的清晰、完整和可查询性。

综上所述，虽然公司员工工资个税报过后用微信转账发工资并不直接构成违法，但公司应谨慎考虑这一支付方式可能带来的潜在法律风险和不合规之处，并采取相应的措施进行防范和应对。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。