工程项目转让款是否合法，取决于转让行为的合法性。以下是对这一问题的详细分析：
合法转让情形：
- 若建设工程合同中明确约定了工程项目的相关权益可以转让，并且转让行为严格遵循了法律规定的程序（如经过发包方的书面同意），则该转让行为具有合法性，相应的转让款也是合法的。
- 通过转让工程项目所属企业的股权来间接实现项目转让，在符合《公司法》等相关法律法规规定的股权转让程序和条件时，通常是合法的，此时涉及的转让款也是合法的。
违法转让情形：
- 转包：根据《民法典》和《建筑法》的规定，承包单位不得将其承包的全部建筑工程转包给他人，也不得将工程肢解后以分包名义分别转包。若存在转包行为，则转让违法，相应的转让款也是不合法的。
- 违法分包：若总承包单位将工程分包给不具备资质条件的单位，或未经建设单位认可擅自分包，或施工总承包单位将主体结构施工分包给其他单位，或分包单位再分包，均属于违法分包，此时涉及的转让款同样是不合法的。
法律后果：
- 若转让行为违法，转让方和受让方可能面临罚款、责令改正、停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等行政处罚。
- 转让双方还需对由此造成的损失承担相应的赔偿责任。
- 在严重情况下，违法转让行为可能触犯刑法，导致刑事责任的承担。
综上所述，工程项目转让款的合法性取决于转让行为的合法性。在进行工程项目转让前，务必审查合同条款、征得发包方同意，并严格遵守相关法律法规，以确保转让行为的合法性和转让款的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。