关于您提到的单位交社保，但之前三个月以灵活就业身份缴纳的社保如何补缴的问题，我可以为您提供以下建议：

首先，您需要明确的是，由于您之前是以灵活就业身份缴纳社保，而现在转为单位缴纳，因此存在一个社保缴纳身份的转换。在这种情况下，通常需要将灵活就业期间的社保与单位缴纳的社保进行衔接。

针对您之前三个月的灵活就业社保补缴问题，您可以按照以下步骤操作：

1. 了解补缴政策：

   • 社保补缴政策可能因地区而异，建议您先咨询当地社保部门或相关机构，了解具体的补缴政策、流程和所需材料。

2. 准备相关材料：

   • 根据当地社保部门的要求，准备相关的身份证明、社保缴纳记录、工作证明等材料。这些材料将用于证明您的灵活就业身份以及需要补缴的社保月份。

3. 提交补缴申请：

   • 您可以选择线上或线下方式提交补缴申请。线上方式通常是通过当地社保部门的官方网站或APP进行申请，线下方式则是直接前往社保部门或相关机构的窗口进行办理。
   • 在提交申请时，请务必按照要求填写相关信息，并上传或提交所需的材料。

4. 等待审核与缴费：

   • 社保部门将对您的补缴申请进行审核，审核通过后，您将收到缴费通知。
   • 根据缴费通知的要求，您可以选择线上或线下方式进行缴费。缴费完成后，您的社保缴纳记录将得到更新。

另外，由于您之前是以灵活就业身份缴纳社保，转为单位缴纳后，可能还需要办理一些额外的手续，如社保关系的转移等。建议您在办理补缴的同时，也咨询当地社保部门或相关机构，了解并办理这些手续。

最后，需要注意的是，社保补缴可能涉及一定的滞纳金或利息，具体金额和计算方式可能因地区而异。因此，在办理补缴时，请务必咨询清楚并准备好相应的费用。