员工工资专用账户，在特定情况下可能会被冻结。具体来说：

1. 一般情况下不得冻结：农民工工资专用账户是施工总承包单位在工程建设项目所在地银行业金融机构开立的，专项用于支付农民工工资的专用存款账户。原则上，在人民法院执行中，专用账户资金不得因支付为本项目提供劳动的农民工工资之外的原因被查封、冻结或者划拨。

2. 可以被冻结的特殊情况：

   • 工资保证金账户中超出工资保证金主管部门公布的资金存储规定部分，人民法院经认定可依法采取冻结或者划拨措施。
   • 案涉工程项目已竣工，且经查询确认不拖欠农民工工资，或者无法查清是否拖欠农民工工资时，根据相关规定，人民法院可以依法对两类账户（农民工工资专用账户和工资保证金账户）采取预冻结措施。在工程完工且未拖欠农民工工资，监管部门按规定解除对两类账户监管后，预冻结措施自动转为冻结措施，并可依法划拨剩余资金。

因此，员工工资专用账户并非绝对不能被冻结，而是在特定条件下，如账户资金超出规定部分或工程项目已竣工且不存在拖欠农民工工资的情况下，可能会被冻结。为确保账户资金的安全，建设单位和总承包单位在开设和使用两类账户时应注意做好风险防范工作，规范账户名称及账户交易，严格审查账户设立程序及申请资料，并妥善保管账户使用资料。