三级医院和三甲医院的医保报销比例在一般情况下是存在差异的，这主要由我国医保政策和医院等级制度所决定。

首先，需要明确的是，医院等级是影响医保报销比例的一个重要因素。我国将医疗机构分为一级、二级和三级，其中三级医院是最高等级的医院，通常具备更先进的医疗设备和更专业的医疗团队。而三甲医院，作为三级医院中的一种，更是代表了医院的顶级水平。

然而，在医保报销比例上，通常并不是医院等级越高，报销比例就越高。相反，为了鼓励患者合理就医、分级诊疗，医保政策往往会设定不同的报销比例，以引导患者根据病情选择合适的医疗机构。一般来说，基层医疗机构（如一级医院）的报销比例会相对较高，而高级别的医院（如三级医院）的报销比例则会相对较低。

具体来说，三级医院由于医疗资源丰富、技术水平高，其医疗费用也相对较高。因此，在医保报销比例上，三级医院通常会比基层医疗机构低一些。而三甲医院作为三级医院中的佼佼者，其报销比例可能也会受到一定影响，但具体比例会因地区、医保政策等因素而有所不同。

总的来说，三级医院和三甲医院的医保报销比例存在差异，这主要是受到医保政策和医院等级制度的影响。为了获得更准确的报销比例信息，建议您咨询当地的医保部门或相关医疗机构。同时，也建议您在就医时根据病情选择合适的医疗机构，以充分利用医保政策、减轻医疗负担。