小区商铺开后门进小区，在未经过合法程序和相关同意的情况下，通常是违法的。具体分析如下：
违反规划设计：
- 如果小区规划设计图纸中并未包含商铺开后门的设计，那么私自开后门就改变了建筑原有的规划结构，违反了《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定。相关部门有权责令改正，恢复原状，并可能处以罚款甚至拆除等处罚。
破坏建筑结构安全：
- 在开后门的过程中，如果破坏了建筑的主体或承重结构，将严重威胁建筑的安全。这违反了《建设工程质量管理条例》关于建筑物结构安全保护的规定，建设单位或施工单位需承担相应的法律责任。
侵犯业主共有权益：
- 商铺开后门可能会占用公共通道、绿地等业主共有部分，从而侵犯业主的权益。根据《中华人民共和国民法典》关于建筑物区分所有权和业主共有的规定，业主有权要求商铺停止侵权行为，恢复原状。
违反物业管理规定：
- 如果商铺开后门违反了物业服务合同中的管理秩序、房屋使用规范等约定，那么物业公司有权依据合同要求商铺进行整改。
然而，也存在一些特殊情况下开后门可能是合法的：
- 获得规划变更许可：商铺经营者可以向当地规划部门提出申请，说明开后门的必要性和合理性，并获得规划变更批准及相关施工许可。在这种情况下，开后门行为是合法的。
- 取得相关权益人同意：如果开后门不涉及改变规划和破坏结构安全，并且获得了受影响的业主、业主委员会及物业管理公司的一致书面同意，那么开后门具有一定合法性。
综上所述，小区商铺在小区内开后门的合法性需综合考虑多个因素。未经合法程序和相关同意擅自开后门的行为，通常会被视为违法，并可能面临相应的法律后果。因此，建议商铺经营者在考虑开后门时，务必先咨询相关法律专业人士，确保行为的合法性。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。