在申请人与被申请人达成以物抵债协议的情况下，法院的处理方式通常如下：

1. 审查协议的有效性：

   • 法院会首先审查以物抵债协议是否出于双方自愿，是否存在欺诈、胁迫等违法情形。
   • 协议内容是否明确、具体，包括抵债物的名称、数量、质量、价值以及交付方式等。
   • 确认抵债物是否属于被申请人合法所有，且无权属争议。

2. 确认抵债物的价值：

   • 法院可能会要求双方提供抵债物的评估报告，或者由法院指定的评估机构进行评估，以确保抵债物的价值与债务金额相匹配。

3. 作出裁定：

   • 如果协议合法有效，且抵债物的价值与债务相当，法院会作出裁定，确认以物抵债协议的有效性，并要求双方按照协议履行。
   • 如果协议存在瑕疵或抵债物价值与债务不匹配，法院可能会要求双方进行协商修改，或者驳回以物抵债的申请。

4. 监督执行：

   • 在裁定生效后，法院会监督双方按照协议进行交付和接收。
   • 如果一方不履行协议，另一方可以向法院申请强制执行。

综上所述，法院在处理以物抵债协议时，会注重审查协议的有效性、确认抵债物的价值，并作出相应的裁定。同时，法院也会监督双方按照协议履行，确保债务得到妥善解决。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。