法院对以物抵债的房产有争议时，通常会根据争议的具体情形，结合法律规定和案件事实，通过审查协议效力、确认物权归属、处理执行异议或启动再审程序等方式进行妥善处理。具体分析如下：

1. 审查以物抵债协议的效力
   若争议围绕协议本身展开（如是否存在欺诈、胁迫、显失公平等情形），法院会首先审查协议的合法性。根据《民法典》相关规定，以物抵债协议需满足双方真实意思表示、不违反法律强制性规定等条件。若协议被认定无效或可撤销，法院可能驳回抵债请求，要求恢复原状或按其他方式处理债务。

2. 确认房产物权归属
   若争议涉及房产所有权（如抵债房产存在权属纠纷、被查封或已设立抵押），法院会依据《民法典》物权编及执行相关法律，通过审查房产登记、占有使用情况、债务形成时间等事实，确认物权归属。若抵债行为损害其他债权人利益（如恶意串通转移财产），法院可能撤销抵债协议，保障优先受偿权。

3. 处理执行程序中的异议
   若争议发生在执行阶段（如其他债权人提出执行异议），法院会依据《民事诉讼法》第232条至第234条，通过执行异议之诉或案外人异议程序审查。若异议成立，法院可能中止执行或裁定驳回抵债申请；若异议不成立，则继续执行抵债房产。

4. 启动再审程序纠正错误
   若争议因原判决错误导致（如抵债协议被错误认定有效），当事人可依据《民事诉讼法》第207条申请再审。法院会审查是否存在新证据、法律适用错误或程序违法等情形，若符合再审条件，将裁定再审并重新审理。

建议：若您是争议一方，需及时收集协议文本、付款记录、房产登记证明等证据，并明确争议焦点（如协议效力、物权归属或执行程序违法）。若涉及复杂法律问题（如恶意串通、虚假诉讼），建议委托律师协助分析证据链完整性及法律适用准确性，以制定针对性诉讼策略。