农村自建房是否可以盖三层，这个问题涉及到多个因素，包括土地性质、规划要求、审批程序以及实际建设情况等。以下是对这个问题的详细解答：

首先，从法律基础来看，根据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》，农村建房必须遵循规划和审批程序。这意味着，无论你打算建几层的房子，都需要先获得相关部门的批准，并确保你的建设活动符合当地的规划和政策要求。

其次，关于农村建房的具体层数限制，这通常因地区而异。一般来说，农村建房最高不超过5层，但具体层高和层数可能因地区差异而有所不同。例如，湖南省就有明确规定，居民自建房一般不得超过三层。因此，你需要查阅你所在地区的具体规定，了解对建房层数的具体要求。

再者，审批手续的重要性不容忽视。取得合法审批手续是判断自建房是否合规的关键。这包括宅基地用地审批、乡村建设规划许可证等。如果你打算建三层房子，那么你需要确保你已经获得了所有必要的合法手续，并且严格按照审批的规划设计要求进行建设。

最后，实际情况也是判断自建房是否合规的重要因素。如果你的建房活动已经获得了合法审批，并且严格按照审批要求进行，那么你的三层自建房就是合法的。但如果你未获得审批或者实际建设超出了审批范围，那么你的房子就可能被视为违建。

因此，农村自建房是否可以盖三层，需要综合考虑以上多个因素。我建议你在建房前，先查清土地性质，确保建房地块为宅基地或其他合法用地；然后完善审批手续，按照规定的流程办理相关证件；同时咨询当地规定，了解具体的建房要求和限制；如果有必要，还可以寻求专业帮助，比如向相关部门咨询或寻求专业律师的帮助。这样可以确保你的建房活动合法合规，避免潜在的法律风险。