农村自建房能盖几层不违法，这个问题涉及到多个因素，包括土地性质、规划要求、审批程序以及地方政策等。以下是对这个问题的详细解答：

一、普遍规定

1. 层数限制：在多数情况下，农村自建房被限制在3层及以下。这一规定主要是出于安全考虑以及对农村整体风貌的规划。较低的楼层在建设质量把控、抗震等方面相对容易保障，同时也符合农村实际居住需求和基础设施配套能力。不过，也存在一些特殊情况，如人口密集或土地资源紧张的农村地区可能会适当提高层数限制，但一般也不会过高，如允许建到4层；而在地广人稀的偏远地区，对层数的限制可能相对宽松。

2. 高度限制：每层建筑的高度也有具体规定，通常建议层高为2.6米到3米之间，且最高不得超过3.3米。这是为了确保房屋的稳定性和安全性。

3. 审批手续：农村建房前必须向当地乡镇政府或相关部门咨询并按规定办理审批手续。这是判断自建房是否合规的关键。未经批准擅自建房是违法的，可能面临违建处理或强拆的风险。

二、特殊情况

1. 非低层住宅：如果农村自建房的层数超过三层（不含三层）、建筑面积超过350平方米或空间跨度超过6米，则被视为非低层住宅。这类住宅需要由专业的施工团队进行设计和施工，并可能需要完成相关部门的验收后才能入住。

2. 从事特定行业的农户：对于仍在从事农业和发展庭院经济的农户，层高一般控制在2-3层；而部分已经脱离农业生产的农户，在某些地区可能允许层高控制在4-5层，但这种情况较为特殊，且具体规定因地区而异。

三、地区差异与咨询建议

需要注意的是，虽然国家有明确的建房层数及其他相关规定，但各地在实际执行时可能会根据当地情况进行适当调整。例如，南北差异导致的建筑规范不同，以及特定区域如保护村落风貌的特殊要求等。

因此，在具体建房前，强烈建议咨询当地有关部门以了解当地的实际执行政策和标准。这包括宅基地用地审批、乡村建设规划许可证等合法审批手续的办理流程和要求，以及关于层数、高度、面积等方面的具体限制。确保建房行为合法合规，避免不必要的法律风险和经济损失。

综上所述，农村自建房能盖几层不违法，需要根据当地的具体规定和审批程序来确定。建房者应严格遵守当地的法律法规和规划要求，确保建房的合法性。在遇到疑问时，及时咨询相关部门或专业律师，以保障自身权益。