在保密行政管理部门进行保密检查的过程中，其发现的违法行为所采取的处置措施是依据相关法律法规进行的。针对“保密行政管理部门在保密检查中发现违法行为不包括”的询问，实际上是在探求保密行政管理部门在发现违法行为时不会采取的处置措施。

根据我所了解的相关法律规定和实践经验，保密行政管理部门在保密检查中发现违法行为时，其处置措施通常包括限期整改、责令停止使用等，以确保国家秘密的安全。然而，查封这一措施，通常不属于保密行政管理部门直接采取的处置手段，因为查封更多地与执法、司法等部门在特定情况下的强制措施相关联。

因此，针对用户的问题，可以明确回答：保密行政管理部门在保密检查中发现违法行为不包括查封。这一结论是基于对现有法律法规的理解和实践经验的总结得出的。如有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。