对于“占用耕地建房归哪个部门管”的问题，我可以明确地告诉您，这主要涉及到农业农村部门和自然资源部门，具体分工如下：

1. 农业农村部门：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十八条的规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门依法查处。这意味着，对于农村村民乱占耕地建住宅的问题，农业农村部门有责任进行查处。

2. 自然资源部门：在实际工作中，由于农业农村部门可能面临技术支撑不足、无法认定违法事实或执法力量薄弱等实际情况，一些地方政府会明确由自然资源部门负责依照《中华人民共和国土地管理法》的相关规定进行查处。此外，对于在乡镇、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按照乡村建设规划许可证规定进行建设的，也通常由自然资源部门或乡镇政府依法处理。

综上所述，占用耕地建房的问题，具体由哪个部门管，可能会因地方政府的具体规定和实际情况而有所不同。但一般来说，农业农村部门和自然资源部门都是可能涉及的部门。如果您面临这样的问题，建议直接咨询当地的相关部门，或者向我寻求专业的法律咨询。