公积金还款的扣费方式主要涉及到公积金账户和银行账户两个方面，具体扣费流程如下：

一、公积金账户扣费

对于办理了公积金贷款并申请了委托按月划扣业务的借款人，公积金中心会在每月的还款日直接从借款人的公积金账户中划扣资金用于偿还贷款本息。扣款顺序为先从借款人的公积金账户余额中扣除，如果借款人的公积金账户余额不足以偿还当月贷款，那么再从其配偶的公积金账户余额中扣除。

二、银行账户扣费

1. 月还款卡扣款：

   • 对于存量贷款（如某地区19年10月16日之前发放的贷款），借款人需要按照各个银行的扣款日期，在扣款日之前预存好足够的还款金额到指定的还款卡中。公积金中心系统会在还款日前一天统一从该卡中扣款。
   • 对于新发放的贷款（如某地区19年10月16日之后发放的贷款），还款日期通常为次月的20号。借款人同样需要在还款日前预存足够的金额到还款卡中，以便公积金中心系统统一扣款。
   • 如果遇到法定节假日，扣款日期可能会顺延。如果扣款失败，公积金中心会发短信提醒借款人。

2. 自有资金提前还款：

   • 借款人可以在贷款发放后申请办理提前还款，但还款日当天不可以做提前还款操作。
   • 提前部分还款的金额通常是1万元的倍数，且一年只能办理一次。
   • 提前还款需要将资金提前存入还款卡，并申请办理提前还款手续。

3. 提取公积金提前还款：

   • 如果借款人符合还贷提取条件，可以申请使用本人住房公积金账户内的余额来提前还款（包括提前部分还款或提前结清）。
   • 提取时需要提供有效身份证件、关系证明（如结婚证或户口簿）等相关材料，并到公积金中心服务大厅办理相关手续。

综上所述，公积金还款的扣费方式主要是根据借款人是否办理了委托按月划扣业务以及还款方式（如月还款卡扣款、自有资金提前还款、提取公积金提前还款等）来确定的。借款人需要按照相关规定和要求，在还款日前确保还款卡或公积金账户中有足够的资金用于偿还贷款本息，以避免造成贷款逾期。