公积金和商业贷款是分开扣个人所得税的。具体解释如下：

1. 公积金扣款：公积金的扣款通常不作为个人所得税的计税依据，而是作为专项扣除项目在税前进行扣除。公积金的缴纳是为了保障职工的住房需求，其缴纳和扣除都遵循一定的规定，与个人所得税的计算是分开的。

2. 商业贷款扣款：商业贷款的利息部分，在一定条件下，可以作为个人所得税的专项附加扣除项目，在税前进行扣除。但商业贷款的本金部分并不直接作为个人所得税的扣除项目。

综上所述，公积金和商业贷款的扣款在个人所得税的处理上是分开的，公积金不作为计税依据，而商业贷款的利息部分在一定条件下可以作为专项附加扣除。如有更多关于个人所得税或其他法律方面的问题，欢迎直接向我咨询，我擅长处理各类法律实务问题。