关于手写结婚证的存档问题，这确实是一个涉及历史背景和实际操作情况的问题。首先，无论结婚证是否为手写，只要是在民政局合法领取的，它都具有法律效力，是合法有效的婚姻证明。

在过去特定的历史时期，结婚证存在手写的情况，并且这些手写结婚证有可能在民政局留下了存档。婚姻登记机关在办理结婚登记时，会按照规定建立婚姻登记档案，这些档案是对婚姻关系的重要记录和证明。因此，如果当时婚姻登记机关进行了登记并建立了档案，那么手写结婚证的信息通常也会被妥善保存归档。

然而，也确实存在部分手写结婚证因历史原因没有在民政局留下存档的情况。这可能是由于在我国结婚证开始正式存档之前的时期，手写结婚证并没有形成系统的存档记录。但这种情况并不影响手写结婚证的法律效力。只要能够证明结婚证是在民政局合法领取的，即使没有存档，它也仍然是合法有效的婚姻证明。

对于手写结婚证没有存档但确实是合法领取的情况，如果当事人需要证明婚姻关系的有效性，可以向婚姻关系档案管理部门申请出具相关证明。该证明将确认虽然结婚证没有存档，但婚姻关系是合法有效的。

总的来说，手写结婚证的法律效力不受其是否存档的影响。重要的是要确认结婚证是否由法定的婚姻登记机关依法颁发，且内容真实、符合法定形式和要求，以及双方是否符合结婚的实质要件。如果满足这些条件，即使结婚证未存档，双方也属于合法夫妻。如有任何关于婚姻关系的疑问或争议，建议咨询专业律师或相关法律机构以获取准确的法律意见和帮助。