总包配合费是否适用时效规定，取决于其性质和具体的合同约定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 如果总包配合费被明确约定为合同款项的一部分：

   • 那么它通常会受到合同法中关于时效规定的约束。根据我国相关法律规定，债权请求权（包括合同之债）通常受一定期限的限制，即诉讼时效。如果债权人在规定的时效期间内不行使权利，其权利可能会受到法律上的限制或丧失。
   • 在这种情况下，如果总包配合费作为合同款项的一部分，且合同中有明确的支付时间和条件，那么债权人（通常是总包方）需要在诉讼时效期间内主张其权利，否则可能会面临权利丧失的风险。

2. 如果总包配合费并非合同款项的一部分，而是基于某种特定法律关系（如合作关系、补偿关系等）产生的费用：

   • 那么其是否适用时效规定就需要根据该特定法律关系的性质以及相关法律法规来确定。有些法律关系可能并不受诉讼时效的限制，或者可能有其特殊的时效规定。

3. 考虑合同中的特别约定：

   • 如果合同中对于总包配合费的支付时间、条件以及是否受时效限制有特别的约定，那么这些约定将优先适用。例如，合同中可能明确约定总包配合费不受诉讼时效的限制，或者约定了更长的时效期间。

综上所述，总包配合费是否适用时效规定并不是一个简单的问题，而是需要根据具体的合同内容、法律关系以及相关法律法规来进行综合判断。因此，在实际操作中，建议当事人仔细审查合同条款和相关法律法规，并咨询专业律师以获取准确的法律意见。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。