在建筑施工纠纷中，总包配合费是否以实际为准，并非一个绝对的问题，而是需要根据具体的合同条款、法律规定以及实际情况来综合判断。

首先，总包配合费通常是在建设工程施工合同中明确约定的。这一费用是总承包单位为了协调、配合分包单位进行施工而收取的费用。因此，在处理纠纷时，首先应查阅合同中的相关条款，看是否有关于总包配合费的具体约定，包括其计算方式、支付条件等。

如果合同中明确约定了总包配合费以实际发生的费用为准，那么在实际施工过程中产生的配合费用，就应当按照实际发生的数额进行结算。这种情况下，总包配合费确实是以实际为准的。

然而，如果合同中并未明确约定总包配合费以实际为准，或者约定了固定的数额或计算方式，那么在处理纠纷时，就应当按照合同约定的方式来确定总包配合费的数额。此时，实际发生的配合费用可能并不完全等同于合同约定的数额，但应当按照合同约定进行结算。

此外，还需要注意的是，总包配合费的支付也应当符合法律的相关规定。例如，支付时间、支付方式等都应当符合合同约定以及相关法律法规的要求。如果在实际施工过程中发生了争议，双方应当通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决纠纷，并依据相关的法律判决或裁定来确定总包配合费的最终数额。

综上所述，建筑施工纠纷中总包配合费是否以实际为准，需要根据具体的合同条款、法律规定以及实际情况来综合判断。在处理此类纠纷时，建议双方首先查阅合同中的相关条款，并依据合同约定以及法律法规的要求来确定总包配合费的数额和支付方式。如有任何疑问或争议，应及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。