如果贪污3.5万元，已经过了追诉期并且已退休，通常不会被取消退休待遇。下面我为你详细解释这个问题：

1. 追诉期的含义：

   • 追诉期，即刑事追诉时效，是刑法规定的对犯罪人进行刑事追诉的有效期限。在此期限内，司法机关有权追诉；超过了此期限，司法机关就不能再行追诉。

2. 追诉期对案件的影响：

   • 既然已经过了追诉期，那么司法机关就不能再对这笔3.5万元的贪污行为进行刑事追诉。这意味着，从法律程序上，这起贪污案件已经被“终结”。

3. 退休待遇的取消条件：

   • 退休待遇的取消通常与个人的犯罪行为直接相关，并且需要在法律程序内进行处理。如果一个人在退休前或退休后犯罪，并且该犯罪被依法追究，那么其退休待遇可能会受到影响。
   • 但在此情况下，由于已经过了追诉期，法律程序已经无法对这笔贪污行为进行追究，因此也就无法以此为由取消其退休待遇。

4. 特殊情况说明：

   • 当然，也存在一些特殊情况。比如，如果这起贪污行为在退休前被发现，并且当时就已经启动了法律程序，只是由于某种原因（如逃匿、病重等）导致追诉过程中断，那么在追诉期内恢复追诉的，仍然可能对退休待遇产生影响。
   • 但根据你所提供的信息，并没有提及任何此类特殊情况，所以我们只针对一般情况进行分析。

综上所述，如果贪污3.5万元，已经过了追诉期并且已退休，那么通常不会被取消退休待遇。如果你还有其他法律问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。