您好，关于超市商品过期处罚标准的问题，这通常取决于具体的法律法规以及地方市场监管部门的执行细则。不过，我可以根据一些公开的行政处罚案例，给您一个大致的解答。

首先，超市经营超过保质期的食品，是违反了《中华人民共和国食品安全法》的相关规定。根据该法，禁止生产经营标注虚假生产日期、保质期或者超过保质期的食品。一旦超市被查出有此类行为，将会面临相应的行政处罚。

处罚的具体标准，一般会考虑以下几个因素：

1. 违法所得和货值金额：市场监管部门会调查超市销售过期食品的违法所得以及涉案食品的货值金额。这通常是通过查验超市的进货记录、销售记录等证据来确定的。

2. 违法情节的严重程度：如果超市是初次违法，且能够积极配合市场监管部门的调查，如实交代违法事实并主动提供相关证据材料，那么可能会从轻或减轻处罚。相反，如果超市多次违法，或者拒不配合调查，那么处罚可能会更重。

3. 地方市场监管部门的裁量权：不同地区的市场监管部门在执行处罚时，可能会根据当地的实际情况和裁量权，对处罚标准进行一定的调整。

以您提供的两个案例为例：

• 在北海市铁山港区的案例中，超市因经营超过保质期的食品被罚款3000元，并没收违法所得1元和过期食品。这个处罚是考虑了超市的违法所得、货值金额以及积极配合调查等因素后作出的。

• 在天祝藏族自治县的案例中，超市同样因经营超过保质期的食品被罚款5300元，并没收过期食品。此外，超市还因未按规定建立并遵守进货查验记录被警告。这个处罚则相对更重一些，可能是考虑了超市的违法情节以及地方市场监管部门的裁量权。

总的来说，超市商品过期的处罚标准并不是固定的，而是会根据具体情况进行裁量。因此，作为超市经营者，应该严格遵守食品安全法律法规，确保所售食品都在保质期内，以避免不必要的法律风险和经济损失。

如果您对具体的处罚标准还有疑问，或者需要了解您所在地区的具体执行细则，建议您咨询当地的市场监管部门或法律专业人士。