针对您提出的“虚开发票万元怎么处理”的问题，这是一个涉及税收法规和发票管理规定的严肃话题。虚开发票不仅违反了国家税收法律法规，还可能对市场经济秩序造成破坏，因此，我国法律对此类行为有明确的行政和刑事处罚措施。
一、行政责任方面
根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票是明确禁止的行为。对于虚开发票万元的情况，税务机关将依法进行查处：
没收违法所得：首先，税务机关会没收因虚开发票而获得的非法收入。
罚款：虚开金额在1万元以下的，税务机关可以并处5万元以下的罚款；而您提到的虚开发票万元（这里假设是超过1万元的情况），则并处5万元以上50万元以下的罚款。罚款的具体数额会根据虚开金额的多少、情节的严重程度以及纳税人的配合态度等因素来综合决定。
二、刑事责任方面
如果虚开的金额较大或者情节特别严重，就可能触犯刑法，构成犯罪。此时，纳税人不仅将面临税务机关的行政处罚，还可能被追究刑事责任。具体来说：
虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪：根据《刑法》第二百零五条，虚开这类发票的，将受到严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、管制以及罚金等。刑罚的轻重会根据虚开的税款数额、情节严重程度等因素来综合判断。
虚开发票罪：即使虚开的是除增值税专用发票以外的其他发票，如果情节严重，也将受到刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或者管制以及罚金等。根据相关司法解释及司法实践，一般虚开发票一百份以上或者虚开金额累计在四十万元以上的，或者虽未达到上述数额标准但五年内因虚开发票行为受过行政处罚二次以上又虚开发票的等情形，将被认定为“情节严重”。
三、处理流程与建议
税务稽查：税务机关在发现虚开发票行为后，会进行税务稽查，核实相关情况。在这个过程中，税务机关有权要求纳税人提供相关资料和证据。
行政处罚决定：经查实存在虚开发票行为的，税务机关将依法作出行政处罚决定，可能包括没收违法所得、罚款等。
移送司法机关：如果虚开发票行为涉嫌犯罪，税务机关会将案件移送司法机关处理。司法机关将依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
建议：为了避免因此带来的法律风险和经济损失，我强烈建议您严格遵守税收法规和发票管理规定，确保开具的发票真实、合法、有效。如果不幸涉及虚开发票的问题，应该及时咨询专业律师或者税务机关的意见，积极配合调查和处理工作，以减轻可能的法律责任和后果。
总之，虚开发票是一种严重的违法犯罪行为，将受到法律和社会的严厉打击。希望您能重视这个问题，遵守相关法律法规，共同维护良好的税收秩序和市场环境。