合同档案一般以“份”或“件”为单位进行整理和归档，具体选择取决于档案管理规范和实际需求。以下是详细说明：

1. 以“份”为单位
   “份”是合同档案最常见的计量单位，通常指一份完整的合同文件，包括合同正文、附件、补充协议、签署页等所有关联材料。例如：一份《房屋租赁合同》及其附件《房屋设施清单》共同构成“一份”合同档案。这种分类方式便于统计合同数量、追踪版本变更，也符合《企业档案工作规范》中“一案一卷”的基本原则。

2. 以“件”为单位
   在特定场景下，合同档案可能以“件”为单位。例如：

   • 跨年度合同：若一份合同履行期跨越多个年度，可能按年度拆分为多“件”档案，每件对应一个年度的履行记录；
     
   • 关联合同组合：若多份合同存在强关联性（如主合同与从合同、框架协议与订单），可能合并为“一件”档案，以体现逻辑整体性；
     
   • 电子档案管理：在电子系统中，一份合同可能被扫描为多个电子文件（如正文PDF、附件Excel），但归档时仍以“一件”逻辑关联存储。

实务建议：

• 统一标准：企业应制定《合同档案管理办法》，明确单位划分规则（如“一份合同=一件档案”），避免因标准混乱导致管理成本增加；
  
• 关联标注：若采用“件”为单位拆分合同，需在档案封面或系统中标注关联关系（如“主合同编号：XXX-001，从合同编号：XXX-002”）；
  
• 合规性审查：无论选择何种单位，均需确保档案完整性，避免因拆分导致关键条款或履行证据缺失，引发法律风险。

若您有具体合同类型或管理场景需要进一步分析，可直接告知，我会结合实务经验为您细化建议。