当被告人不认罪认罚时，法院的处理方式主要基于证据裁判原则，即法院会依据案件事实、证据以及法律规定来公正地作出判决，而不会因为被告人是否认罪认罚而直接改变判决原则。以下是对此问题的详细解答：
一、法院判决的核心依据
根据《刑事诉讼法》的相关规定，法院对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。这意味着，即使被告人不认罪，只要证据确实、充分，法院仍然可以认定被告人有罪并处以刑罚。这一规定确立了“零口供定罪”的法律基础，确保了判决的公正性和客观性。
二、证据审查的关键标准
在审查证据时，法院会关注以下几个方面：
证据链条的完整性：法院会评估证据是否形成了完整的闭环，例如物证、证人证言、电子数据等是否相互印证，共同指向被告人有罪。
排除合理怀疑：法院会确保所有证据都经过法定程序查证属实，证据之间不存在无法解释的矛盾，并排除了其他可能性，如第三人作案或意外事件等。
非法证据排除：法院会严格审查证据收集过程是否合法，是否存在刑讯逼供、诱供等情形，并依法排除非法证据。
三、不认罪认罚对判决的影响
不认罪认罚本身并不会直接影响法院的判决原则，但可能会影响量刑轻重。认罪认罚通常被视为一种从轻情节，有助于法官在量刑时给予从宽考虑。然而，如果被告人不认罪认罚，但证据确实、充分，法院仍然会依法作出有罪判决，并可能根据案件具体情况判处相对较重的刑罚。
四、被告人权利保障措施
在被告人不认罪认罚的情况下，法院会采取一系列措施来保障被告人的权利：
强化律师辩护权：被告人有权聘请律师进行辩护，律师可以通过申请非法证据排除、要求关键证人出庭等方式来维护被告人的权益。
适用疑罪从无原则：如果证据存在重大瑕疵或矛盾，法院将依法宣告被告人无罪，确保不冤枉一个无辜的人。
提供上诉救济途径：如果被告人对一审判决不服，可以在法定期限内提出上诉，通过上级法院的审理来维护自己的合法权益。
五、实际案例参考
在实际司法实践中，有许多被告人不认罪认罚但最终被法院依法判决有罪的案例。例如，在某故意杀人案中，被告人始终否认犯罪，但法院通过DNA鉴定、手机定位轨迹、监控视频等证据链，最终作出了有罪判决。这充分说明了法院在判决时会严格依据证据和法律规定，而不会因为被告人是否认罪认罚而改变判决结果。
总结：不认罪认罚并不会改变法院依法裁判的原则。法院会综合案件事实、证据和法律规定来作出公正判决。被告人应知晓认罪认罚通常被视为一种从轻情节，可能对量刑产生积极影响。但无论如何，法院都会确保判决的公正性和客观性，保障被告人的合法权益。