您好，关于农民工保证金由谁缴纳的问题，我可以给您一个清晰且详细的解答。

农民工工资保证金应由施工总承包单位来缴纳。这一制度有明确的法律依据，即《工程建设领域农民工工资保证金规定》（人社部发〔2021〕65号）。根据该规定，农民工工资保证金是施工总承包单位在银行设立账户，并按照工程施工合同额的一定比例（通常为2%）存储的专项资金，它专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。

缴纳主体与责任方面：

1. 施工总承包单位的责任：农民工工资保证金的缴存是施工总承包单位在工程项目开工前的法定义务，必须由施工总承包单位来承担，而不是由农民工或其他相关方来承担。

2. 特殊情形的处理：

   • 如果施工总承包单位所承包的工程发生了转包或违法分包，导致拖欠农民工工资的情况，分包单位在承诺代施工总承包单位先行缴纳工资保证金的情况下，可以被允许替代缴纳。但即便如此，缴纳主体的法律责任仍然归属于施工总承包单位。
   • 另外，建设单位与施工总承包单位也可以在工程施工合同中约定，由建设单位从应付工程款中代扣代缴存工资保证金。这种安排有助于资金的管理和监控，但同样地，缴纳主体的法律责任还是归属于施工总承包单位。

未按规定缴存的后果：

如果施工总承包单位未能按照规定缴存农民工工资保证金，相关部门将依法采取一系列措施，包括但不限于责令限期改正、罚款等，以确保这一制度的严格执行和农民工权益的有效保护。

总结与建议：

农民工工资保证金制度是保障农民工合法权益的重要措施之一。施工总承包单位应严格遵守相关法律法规，按时足额缴存保证金。同时，我也建议相关部门加强监管力度，确保这一制度的落实和执行。对于农民工而言，了解这一制度也有助于他们更好地维护自身的合法权益。如果您需要更多信息或咨询具体法律问题，可以查阅国务院及相关部门发布的关于农民工保证金的规定，或者咨询专业律师。