水库承包50年是否合法需分情况讨论，核心判断依据是承包行为发生时的法律规定及合同具体内容，具体分析如下：

1. 若承包行为发生在《民法典》生效前（2021年1月1日前）
   根据原《合同法》第214条，租赁期限不得超过20年；超过20年的，超过部分无效。但水库承包合同性质可能涉及“用益物权”或“其他经济合同”，需结合当时《土地管理法》《水法》及地方性法规判断：

   • 若地方性法规明确允许水库承包期限超过20年（如某些地区为鼓励水利设施长期维护，规定最长承包期为50年），且合同签订时未违反法律强制性规定，则50年承包期可能被认定为合法有效；
     
   • 若无法律特别规定，仅依据《合同法》一般原则，超过20年的部分可能被认定无效，但已履行的部分仍受保护，合同可按20年期限继续履行或协商调整。

2. 若承包行为发生在《民法典》生效后（2021年1月1日后）
   根据《民法典》第705条，租赁期限不得超过20年；超过部分无效。水库承包合同若被认定为租赁合同性质，50年期限直接违反法律强制性规定，超过20年的部分无效。但需注意：

   • 若合同性质为“承包经营合同”而非“租赁合同”（如涉及水库管理、维护、收益分配等综合权利义务），可能适用《民法典》合同编一般规定，需结合合同具体条款判断是否违反公序良俗或损害公共利益；
     
   • 若水库属于农村集体所有，还需符合《农村土地承包法》关于承包期限的规定（如耕地承包期为30年，草地为30-50年，林地为30-70年），水库承包期限需与土地用途匹配，否则可能部分无效。

3. 合同履行中的特殊情形

   • 若承包方在合同履行中已投入大量资金用于水库维修、改造或配套设施建设，且合同期限剩余较长，可尝试通过协商延长合法期限、补充协议或申请司法确认等方式降低损失；
     
   • 若因政策调整（如水库功能从灌溉转为饮用水源保护）导致合同无法继续履行，可依据《民法典》第533条主张情势变更，请求变更或解除合同。

建议：若您是承包方或发包方，需重点核查合同签订时间、当地法规对水库承包期限的特别规定、合同性质认定及实际履行情况。如有争议，可提供合同文本、地方性法规等材料，我将进一步分析合同效力及风险应对方案。