农村集体小二型水库承包50年是否有效，需根据具体情况分析，但一般情况下，承包期限超过法定期限是无效的。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国农村土地承包法》第二十一条：耕地的承包期为三十年。草地的承包期为三十年至五十年。林地的承包期为三十年至七十年。特殊林木的林地承包期，经国务院林业行政主管部门批准可以延长。

   • 分析：该条款明确规定了不同类型土地的承包期限，但并未直接提及水库的承包期限。然而，由于水库不属于耕地、草地或林地，因此不能直接套用这些土地的承包期限。

2. 《中华人民共和国合同法》第二百一十四条：租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。租赁期间届满，当事人可以续订租赁合同，但约定的租赁期限自续订之日起不得超过二十年。

   • 分析：虽然该条款针对的是租赁合同，但承包合同在性质上与租赁合同相似，都涉及对某一资源或财产的使用权的让渡。因此，在缺乏直接针对水库承包期限的法律规定时，可以参照此条款来确定承包期限的合理性。

二. 具体分析

1. 承包期限的合法性：根据上述法律分析，由于《中华人民共和国农村土地承包法》并未直接规定水库的承包期限，而《中华人民共和国合同法》规定租赁期限不得超过二十年，因此，农村集体小二型水库的承包期限若超过二十年，则超过部分无效。所以，承包50年的约定在法律上是部分无效的，即只有前二十年的承包期限是有效的。

2. 实际操作的建议：在实际操作中，若已经签订了50年的承包合同，建议双方协商调整承包期限，确保其符合法律规定。如果无法协商调整，那么超出二十年的部分将不被法律保护，可能会引发后续的法律纠纷。

我建议：在签订农村集体小二型水库的承包合同时，应明确承包期限，并确保其不超过法律规定的二十年。如果已签订超过二十年的承包合同，应尽快与对方协商调整，以避免潜在的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。