结论前置：夜班上12个小时，在未经特殊工时制度批准的情况下，一般是不合法的。但具体是否合法，还需根据用人单位是否实行了特殊工时制度以及行业特性等因素来判断。

一、一般情况下的不合法性

1. 违反每日工作时间规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。夜班上12个小时，显然超出了这一法定限制，属于延长工作时间。

2. 违反加班时间规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。夜班上12个小时，很可能超过了这一加班时长限制。

二、特殊情况下的合法性

1. 实行特殊工时制度：

   • 不定时工作制：适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围无法按标准工作时间衡量的职工，如企业高级管理人员、外勤人员等。若用人单位经批准对夜班岗位实行不定时工作制，则工作12小时可能符合规定。但实行不定时工作制需要经过劳动行政部门的审批，未经审批不得擅自采用。
   • 综合计算工时工作制：以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准基本相同。在此制度下，某一天工作12小时可能是允许的，只要整个周期内的平均工作时长不超过法定标准。同样，实行综合计算工时工作制也需经劳动行政部门审批。

2. 特殊行业或紧急情况：

   • 在医疗、餐饮、安保等特殊行业，由于行业特性和工作需要，可能存在较长时间的工作情况。但即便如此，也应确保劳动者的休息和健康权益不受侵害，并依法支付加班费。
   • 在发生自然灾害、事故等紧急情况时，为威胁劳动者生命健康和财产安全而需要紧急处理，此时延长工作时间不受《劳动法》第四十一条的限制。但这种情况较为特殊，且应尽快恢复正常工作秩序。

三、劳动者权益保护

• 如果劳动者认为用人单位的工作时长安排违法，可以向当地劳动监察部门投诉举报，或通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。
• 劳动者在加班时，应依法获得加班费。具体标准为：安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排工作的，应支付不低于工资的200%的工资报酬（若不能安排补休）；法定休假日安排工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。

四、建议与提醒

• 对于劳动者：应了解自己的权益，包括每日工作时间、加班时间以及加班费标准等。在权益受到侵害时，及时寻求法律保护。
• 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的休息和健康权益不受侵害。在需要延长工作时间时，应依法与工会和劳动者协商，并支付相应的加班费。同时，如需实行特殊工时制度，应提前向劳动行政部门申请审批。

综上所述，夜班上12个小时是否合法，需根据具体情况判断。在一般情况下是违法的，但在特定情况下，如实行特殊工时制度或处于特殊行业及紧急情况下，可能合法。无论如何，都应确保劳动者的合法权益和身心健康得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。