九十年代农转非并不必然导致承包土地的收回，具体处理需根据当时的法律法规、政策精神以及实际情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. “农转非”的定义与背景

   • “农转非”指的是农村人口转变为非农业人口的过程，这一过程中农民可能面临土地承包权的变化。九十年代，随着城市化进程的加速，许多农民选择或被迫转为非农业户口，以寻求更好的生活和发展机会。

2. 全家农转非且迁入设区的市的情况

   • 如果承包期内承包方全家迁入设区的市并转为非农业户口，根据后来的政策精神（尽管九十年代可能尚未有明确表述，但后续政策对此有明确规定），应当将承包的耕地和草地交回发包方。若不交回，发包方有权收回。这是因为设区的市通常具备完善的社会保障体系，农民转为市民后可纳入其中，不再需要依赖土地作为生活保障。
   • 实际操作中的差异：然而，在九十年代的实际操作中，由于地区差异和管理规范程度的不同，执行情况可能有所不同。有些地方可能并未及时收回土地，或者对收回土地的条件和程序有更为宽松的解释。

3. 全家农转非但迁入其他城镇的情况

   • 若全家迁入小城镇落户，应尊重承包方的意愿，保留其土地承包经营权或允许其依法进行土地流转。这是考虑到小城镇社会保障体系相对不完善，保留土地可为农民提供一定的生活保障。
   • 政策精神与实际操作：九十年代的政策精神已经倾向于保护农民的土地承包权益，避免因农转非而轻易剥夺其土地。因此，在实际操作中，许多地方并未强制收回承包土地。

4. 家庭部分成员农转非的情况

   • 根据《农村土地承包法》的相关规定（尽管该法可能是在九十年代之后颁布的，但其精神与九十年代的政策导向相符），承包期内，发包方不得因家庭成员的部分农转非而收回承包地。只要农户中仍有成员为农村集体经济组织成员，并继续履行承包合同义务，该农户的土地承包经营权不受影响。

5. 土地承包权续签与终止

   • 如当事人在农转非前已承包土地，且承包合同未到期，其土地承包权在合同期限内通常仍然有效。合同期满后，如未续签或违反合同规定，土地可能会被收回。

综合建议：

• 对于九十年代农转非后承包土地是否收回的问题，由于涉及多个因素，包括当地政策、法规及实际情况等，因此无法给出绝对的答案。
• 如果您或您的家人面临类似问题，建议首先查阅当时的土地承包合同、相关政策文件以及当地的具体执行情况。
• 如有必要，可以向我咨询，提供更详细的信息和背景，以便我能够给出更具体和准确的法律建议。

在处理此类问题时，务必确保自身权益得到妥善保护，避免因不了解相关法律法规和政策精神而遭受不必要的损失。