针对您提出的“国有企业破产员工补偿金怎么清算”的问题，我将从在职员工和退休员工两个角度，结合相关法律法规，为您详细解答。
一、在职员工补偿金清算
经济补偿金的计算：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
支付时间与顺序：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，应首先用于支付所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，还有法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
其他相关费用：
- 企业还需补缴拖欠的社会保险费和住房公积金至破产清算日。
- 对于未安排年休假的员工，企业应依法支付未休年假的工资报酬。
- 若企业未提前三十日以书面形式通知员工解除劳动合同，在特定情境下（非破产裁员常见，破产清算需结合案情）可能需额外支付一个月工资作为代通知金。
特殊情形：
- 企业董事、监事和高级管理人员的工资可能按照企业职工的平均工资计算，以避免过度补偿。
- 在破产管理人监督下，企业与员工可通过集体协商调整补偿方案，但需确保不低于法定最低标准。
补偿流程与注意事项：
- 员工需在法院指定的债权申报期限内向破产管理人提交工资、补偿金等债权证明材料。
- 职工债权在破产财产分配中享有优先权，但需注意区分普通债权与有财产担保债权的清偿顺序。
- 对补偿金额或程序存在异议的员工，可依法向法院提起诉讼或申请仲裁。
二、退休员工补偿金清算
基本原则：
- 退休员工通常不直接享有经济补偿金，但其养老保险、医疗保险等社保权益以及特定情况下的工伤待遇会依法得到优先清偿和保障。
养老金与社保费用：
- 退休人员的养老金发放由养老保险基金负责，不受企业破产影响。
- 若企业存在拖欠退休员工养老保险费用的情况，这部分欠费在破产清算时属于优先清偿的范围。
- 企业同样需依法清偿拖欠的退休人员的基本医疗保险费用等其他社保费用。
特殊情况处理：
- 对于退休前曾发生工伤且企业破产时尚有未支付的工伤待遇（如一次性伤残就业补助金等），这部分费用也会按照破产财产的清偿顺序进行支付。
- 若企业破产前承诺为退休员工提供额外的福利待遇（如补充商业保险、退休员工活动经费等）并存在欠费情况，这些费用在破产清算时会根据具体情况进行认定，并在清偿完前面顺序的债务后按比例进行清偿。
清算程序与员工权益保护：
- 清算组会对企业的资产、负债进行全面清查和核算，并根据相关法律法规和清偿顺序对涉及退休员工的各类费用进行妥善处理。
- 退休员工可以通过职工代表大会等途径了解破产清算进展，维护自身合法权益。必要时，可通过法律途径寻求帮助和保护。
综上所述，国有企业破产时，在职员工和退休员工的补偿金清算方式有所不同。在职员工主要依据工作年限和月工资标准获得经济补偿金，并享有社保费用、未休年假工资等优先清偿权益；而退休员工则主要关注其社保权益及特定情况下的工伤待遇是否得到优先保障。希望这些解答能帮助您更好地理解国有企业破产员工补偿金的清算问题。