结论概述：在两个股东的公司中，若其中一个股东死亡，其股权将按照公司章程、股东协议或相关法律规定进行继承或处理。具体处理方式需考虑公司性质、章程规定及继承人意愿等多个因素。

详细分析：

1. 股权继承的基本原则：

   • 根据《公司法》及相关法律规定，股东死亡后，其股权通常可以由其合法继承人继承。这是基于股权作为财产权的一种，具有可继承性。
   • 继承人继承股权后，将成为公司的新股东，享有相应的股东权利并承担股东义务。

2. 公司章程与股东协议的影响：

   • 公司章程规定：公司章程是公司的“宪法”，对股东权利、义务及股权转让、继承等事项可能有特别规定。若公司章程中明确规定了股东死亡后股权的处理方式（如限制继承、强制回购等），则应优先遵循公司章程的规定。
   • 股东协议约定：股东之间可能签订有股东协议，对股权的转让、继承等事项作出特别约定。若股东协议中有相关条款，且该条款不违反法律强制性规定，则应按照股东协议的约定处理。

3. 不同公司性质下的处理：

   • 有限责任公司：在有限责任公司中，股东死亡后，其继承人可以继承股东资格，但公司章程另有规定的除外。若公司章程未作特别规定，且其他股东未提出异议，继承人可直接成为公司股东。
   • 股份有限公司：在股份有限公司中，股东死亡后，其股权同样可以继承。但股份有限公司的股权转让相对更为灵活，可能涉及更多市场因素和交易规则。

4. 继承人意愿与股权处理：

   • 继承人可能选择继承股权并成为公司股东，也可能选择放弃继承或转让股权。若继承人选择放弃继承，则股权可能由其他股东或公司按照法定程序回购或处理。
   • 若继承人选择转让股权，则需遵循公司章程、股东协议及《公司法》关于股权转让的相关规定，如其他股东的优先购买权等。

5. 特殊情况下的处理：

   • 若公司为一人有限责任公司，且死亡股东为唯一股东，则公司可能面临解散或变更组织形式等复杂情况。此时，需根据《公司法》及相关法律规定，结合公司实际情况，制定具体的处理方案。
   • 若死亡股东的股权存在质押、冻结等限制情况，则股权的继承或转让可能受到相应限制。此时，需根据相关法律法规及司法解释的规定，处理股权的继承或转让事宜。

法律建议：

• 审查公司章程与股东协议：首先，应仔细审查公司章程和股东协议中关于股权继承或处理的相关条款，以确定具体的处理方式。
• 与继承人沟通协商：若公司章程或股东协议未作特别规定，或规定存在模糊之处，建议与继承人进行沟通协商，明确其继承意愿及后续处理方案。
• 遵循法定程序：在处理股权继承或转让事宜时，应严格遵循《公司法》及相关法律法规的规定，确保程序的合法性和有效性。
• 寻求专业法律支持：若涉及复杂情况或存在法律争议，建议寻求专业律师的法律支持，以确保公司及股东的合法权益得到保障。

可能后果：

• 若处理不当，可能导致公司股东结构发生变化，影响公司的稳定运营和决策效率。
• 若继承人之间或继承人与公司之间存在争议，可能引发法律纠纷，增加公司的法律风险和成本。
• 若未遵循法定程序处理股权继承或转让事宜，可能导致相关行为无效或被撤销，进而影响公司的合法权益。

因此，在处理两个股东的公司中一个股东死亡的情况时，应综合考虑公司性质、章程规定、继承人意愿及法律法规等多个因素，制定合理的处理方案，并寻求专业法律支持以确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。