员工自离时，用人单位不得无故克扣工资。若因员工自离给用人单位造成实际经济损失，用人单位可以要求赔偿，但每月从工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。以下是对这一问题的详细分析：
一、自离不扣工资的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动的报酬，应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。因此，即使员工自动离职，用人单位也应当支付其已经付出劳动部分的工资。这是保障劳动者合法权益的基本原则。
二、因自离造成损失时的处理
经济损失的认定与赔偿：
- 若员工自离给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致业务受损、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 赔偿的金额需有充分证据支持，证明损失的存在及具体数额。
工资扣除的限制：
- 从员工工资中扣除赔偿金额时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。
实例说明：
- 假设员工小李月工资为6000元，因自离给公司造成了2000元损失。根据规定，公司最多可每月从小李工资中扣除1200元（6000×20%）来弥补损失。若小李当月工资扣除1200元后低于当地最低工资标准，则公司需按最低工资标准支付小李剩余工资。
三、自离工资的计算与支付
- 自离员工的工资应当按照其在用人单位的实际用工天数计算，确保劳动者获得其应得的劳动报酬。
- 用人单位在劳动者离职时，应当为其结清工资。若发现员工有未完成的工作或造成的经济损失，应及时与员工协商解决，并在支付工资时进行相应的处理。
四、劳动者权益保护
投诉与仲裁：
- 如果用人单位无故克扣自离员工的工资，劳动者有权向当地的劳动监察部门进行投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
证据保留：
- 在处理此类争议时，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录、离职证明等，以便在需要时提供证明。
五、特殊情况下的处理
- 如果劳动合同或公司规章制度中有关于自离扣工资的特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定可能对双方具有约束力。但即便如此，用人单位也不能随意大幅扣减工资，仍需遵守上述关于工资扣除的限制性规定。
总结：员工自离时，用人单位应依法支付其已付出劳动部分的工资。若因自离给用人单位造成损失，用人单位可依法要求赔偿，但赔偿的扣除需遵守法定限制。作为劳动者，在自离前应了解公司的规章制度和劳动合同的相关约定，并在自离后依法维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。