外商投资企业在中国的运营确实适用《中华人民共和国公司法》（以下简称“《公司法》”），但具体适用情况需结合企业设立时间、组织形式及《中华人民共和国外商投资法》（以下简称“《外商投资法》”）的相关规定来综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、一般适用规则

1. 组织形式与组织机构：

   • 外商投资企业可以采取有限责任公司或股份有限公司的形式，其设立、变更、解散等程序均应遵循《公司法》的相关规定。
   • 外商投资企业的组织机构，如股东会、董事会、监事会等，也应按照《公司法》的要求进行设立和运作。例如，股东会的召集程序、表决机制，董事会的职权与责任等，都需符合《公司法》对于相应组织形式的规定。

2. 公司治理与运营：

   • 在公司治理方面，外商投资企业应遵循《公司法》关于股东权利、董事义务、监事职责等方面的规定。这确保了公司内部管理的规范性和透明度。
   • 在公司运营过程中，外商投资企业也需遵守《公司法》关于财务报告、利润分配、合并分立等方面的规定。这些规定有助于维护公司的财务健康和市场秩序。

二、特殊过渡规定

对于在《外商投资法》施行前（即2020年1月1日前）依据“外资三法”（《中华人民共和国中外合资经营企业法》、《中华人民共和国外资企业法》、《中华人民共和国中外合作经营企业法》）已设立的外商投资企业，存在五年的过渡期安排（2020年至2024年）。

• 在这五年内，这类企业可以继续保留原有的企业组织形式和按照原“外资三法”制定的企业章程进行运营管理。例如，如果某中外合资经营企业在2019年设立，其董事会的组成、议事规则等在企业章程中有特别规定且与《公司法》不完全一致的，在过渡期内可继续沿用原规定。
• 然而，过渡期结束后，这些企业必须全面调整以符合《公司法》及其他相关法律法规的最新要求。这包括修改企业章程、调整组织机构设置等，以确保企业的合法合规运营。

三、综合考量与法律遵从

在处理外商投资企业的相关事务时，除了遵循《公司法》的一般性规定外，还需特别注意《外商投资法》及其配套规定中的特殊要求。

• 投资准入与领域限制：《外商投资法》及其实施条例对外商投资企业的投资准入条件、可投资的领域和范围等作出了具体规定。例如，通过负面清单管理制度明确了哪些领域是禁止或限制外商投资的。
• 优惠政策与信息报告：外商投资企业可能享受一定的税收优惠、土地使用优惠等政策支持，但同时也需履行信息报告义务，及时向相关部门报告企业的运营情况、投资变化等信息。

四、实际案例与操作建议

假设一家外商投资企业计划在中国设立一家有限责任公司，那么该企业在设立过程中就需严格遵循《公司法》关于有限责任公司设立的规定，包括股东出资方式、注册资本要求、公司章程的制定等。同时，该企业还需关注《外商投资法》及其配套规定中关于投资准入、优惠政策等方面的要求，以确保企业的合法合规运营。

总结与建议：

外商投资企业在中国的法律适用是一个综合考量的过程，既需要遵循《公司法》的基本框架，也需要关注《外商投资法》及其配套规定的特殊要求。对于新设立的外商投资企业，建议直接按照《公司法》和《外商投资法》的相关规定进行设立和运营；对于已设立的外商投资企业，在过渡期内可继续沿用原有规定，但过渡期结束后需及时调整以符合最新要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。