违章建筑的认定和处理办法是一个涉及多个主体和程序的综合法律问题，以下从认定主体、认定依据、处理办法及法律救济途径四个方面进行详细解答：
一、认定主体
城乡规划主管部门：
- 适用范围：主要负责城市、镇规划区内建筑物、构筑物等工程建设的违章建筑认定。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，对于未取得或违反建设工程规划许可证的建设行为，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门有权进行认定和处理。
- 实例说明：如某市市区内开发商未经规划许可擅自超建楼层，城乡规划主管部门即有权对此进行违章建筑认定。
乡、镇人民政府：
- 适用范围：负责乡、村庄规划区内未依法取得或违反乡村建设规划许可证的建设行为的违章建筑认定。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，乡、镇人民政府对违反乡村建设规划的建设行为有权进行认定和处理。
- 实例说明：若某村庄村民未经许可在村集体土地上新建房屋，乡（镇）人民政府则有权对该房屋进行违章建筑认定。
自然资源部门：
- 适用范围：主要涉及土地使用方面的违法建设认定，如未经批准非法占用土地进行建设等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，对于非法占用土地或违反土地利用总体规划的建设行为，县级以上人民政府自然资源主管部门有权进行认定和处理。
- 实例说明：如某企业未经批准占用农用地建设厂房，自然资源部门即可认定该厂房为违章建筑。
二、认定依据
违章建筑的认定主要依据以下法律法规和实际情况：
- 未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设：这是最常见的认定标准。如果建设单位或个人没有获得合法的规划许可，或者虽然取得了许可证但未按照许可证的要求进行建设，就可能被认定为违章建筑。
- 违反土地利用总体规划：在耕地上非法建设住宅或其他非农业用途的建筑物，违反了土地利用总体规划，属于违章建筑。
- 影响公共安全、公共利益或破坏生态环境：即使建设行为获得了部分许可，但如果对公共安全、公共利益造成威胁，或者破坏了生态环境，也可能被认定为违章建筑。
- 其他违规行为：如逾期未拆的临时建筑、擅自改建或增建、改变建筑功能用途等，也可能构成违章建筑。
三、处理办法
对于被认定为违章的建筑，将依法进行处理，具体办法如下：
- 责令停止建设：城乡规划主管部门或乡、镇人民政府发现正在进行的违章建设行为时，有权责令立即停止建设。
- 限期改正：对于可以通过整改消除影响的违章建筑，责令建设单位或个人在一定期限内进行改正。
- 罚款：根据《城乡规划法》等相关法律法规，对违章建设行为处以罚款。罚款的金额视严重程度而定，通常为建设工程造价的百分之五以上百分之十以下。
- 拆除：对于无法通过整改消除影响，或者严重影响城乡规划实施的违章建筑，责令限期拆除。逾期不拆除的，由相关部门依法强制拆除。
四、法律救济途径
如果当事人对行政机关作出的违章建筑认定和处理决定不服，可以采取以下法律救济途径：
- 行政复议：当事人可以在法定期限内向上一级行政机关申请行政复议，请求撤销或变更原决定。
- 行政诉讼：当事人也可以直接向人民法院提起行政诉讼，请求法院对行政机关的决定进行审查并作出判决。
总结与建议：
违章建筑的认定和处理是一个严格的法律程序，涉及多个主体和复杂的法律法规。对于当事人而言，了解认定程序和救济途径至关重要。如果您面临违章建筑认定或处理的问题，或者对相关法律法规有疑问，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。