当甲方收到质疑函时，应对方法需要遵循一定的流程和规范，以确保处理的公正、及时和有效。以下是对甲方收到质疑函后应对方法的详细解答：
一、初步审查与受理
及时接收与审查：
- 甲方在收到质疑函后，应立即进行形式审查，确认质疑函是否符合法定条件，如质疑范围、时限、形式等。
- 质疑函通常应包含供应商信息、质疑项目名称及编号、具体质疑事项、事实依据、法律依据等内容。
受理与通知：
- 对于符合受理条件的质疑，甲方应在收到质疑函后7个工作日内（或根据当地规定时限）作出受理决定，并以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商。
- 对于不符合受理条件的质疑，应书面说明理由并退回给质疑供应商。
二、调查核实
组织调查：
- 甲方应对质疑内容进行认真调查核实，必要时可要求相关当事人提供证据或说明情况。
- 对于涉及评审过程、中标或成交结果的质疑，甲方可以组织原评标委员会或相关小组协助答复。
确保公正：
- 调查过程应客观公正，确保事实清楚、证据充分，避免偏袒任何一方。
三、答复质疑
答复内容：
- 质疑答复应具体、明确，并包含质疑供应商的姓名或名称、收到质疑函的日期、质疑项目名称及编号、质疑事项、质疑答复的具体内容、事实依据和法律依据等。
- 明确答复结论，即质疑是否成立，并告知质疑供应商依法投诉的权利和途径。
答复形式：
- 质疑答复应以书面形式作出，并加盖甲方公章，确保答复的正式性和权威性。
四、记录存档与沟通
记录存档：
- 甲方应对质疑处理全过程进行详细记录，包括收到质疑函、调查采取的程序、形成的调查结果、如何作出答复等。
- 记录应完整、真实并妥善存档备查，便于后续监督工作开展。
保持沟通：
- 在质疑处理过程中，甲方应主动与质疑供应商保持沟通，及时告知处理进展。
- 对于涉及公共利益或影响较大的质疑，可依法公开相关信息，增强透明度。
五、特殊注意事项
- 避免泄露商业秘密：在答复质疑和公开信息时，甲方应确保不涉及商业秘密或敏感信息。
- 依法依规处理：甲方在处理质疑过程中应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保处理的合法性和合规性。
综上所述，甲方在收到质疑函后，应遵循及时接收与审查、认真调查核实、明确答复质疑、记录存档与沟通等步骤进行应对。通过规范的处理流程和严谨的调查核实，确保质疑得到公正、及时和有效的处理。