承包水库养鱼在符合相关法律法规和程序的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同受法律保护。承包水库养鱼的合同，如果双方意思表示真实，不违反法律法规的强制性规定，即为有效合同。
- 《中华人民共和国渔业法》也规定了国家鼓励和支持水产养殖业的发展，并保护养殖生产者的合法权益。因此，在合法合规的前提下，承包水库进行水产养殖是受到法律保护的。
政策导向：
- 国家对于水资源的合理利用和保护有明确的政策导向，鼓励通过承包、租赁等方式，将水资源用于合法的生产经营活动，包括水产养殖。
合法承包的条件与程序
取得承包经营权：
- 承包者需要与水库的所有权人或管理单位签订承包合同，明确双方的权利和义务。合同中应包含承包期限、承包费用、养殖品种、养殖方式、环境保护责任等关键条款。
- 承包程序需合法，通常应通过公开招标、拍卖、协商等合法方式取得承包经营权，并签订合法有效的承包合同。
遵守相关法律法规：
- 承包者必须遵守《中华人民共和国渔业法》、《中华人民共和国水污染防治法》等相关法律法规，确保养殖活动不对环境造成污染。
- 禁止使用违禁药物和饲料添加剂，确保水产品的质量安全。同时，应避免对水库水质造成污染，不采用非法养殖手段，以及不投放危害生态平衡的外来物种等。
办理相关手续：
- 在某些地区，承包水库养鱼可能需要向当地渔业行政主管部门申请养殖证或备案。承包者应了解并遵守当地的具体规定和要求，确保养殖活动的合法性。
特殊情况与风险提示
特殊保护水库的限制：
- 对于涉及饮用水源或其他特殊保护的水库，可能存在更严格的法律规定。这类水库通常受到更为严格的保护和管理，可能不允许进行水产养殖活动。因此，在承包前必须充分了解水库的性质和保护要求，确保承包行为不违反相关法律法规。
合同风险：
- 承包合同应明确约定双方的权利和义务，以及违约责任和解决争议的方式。承包者应仔细阅读合同条款，避免陷入合同陷阱。例如，合同中应明确约定养殖方式、环境保护责任等关键内容，以防止因合同条款不清而引发的纠纷。
市场风险与自然灾害：
- 水产养殖受市场波动和自然灾害的影响较大。承包者应做好市场调研和风险评估，制定合理的经营计划。例如，可以购买农业保险来降低自然灾害带来的损失风险。
非法承包与养殖的后果
- 如果承包者未经合法授权私自占用水库进行养鱼，或者违反了环保、渔业等方面的强制性规定，如过度投放饲料导致水质恶化、使用禁止的药物防治鱼病等，都可能导致承包行为的合法性受到质疑，并面临相应的法律责任。这包括但不限于罚款、没收渔获物和违法所得、吊销捕捞许可证等行政处罚，甚至可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
总结与建议：
承包水库养鱼并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合判断。在承包前，建议充分了解水库的性质、用途规划、保护要求以及相关法律法规，确保承包行为的合法性和可持续性。同时，在承包过程中应严格遵守合同约定和各项法律法规，保护水库生态环境，实现经济效益与生态效益的双赢。如果您在承包水库养鱼过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。