工作时间超过12个小时，在大多数情况下是违法的。以下从法律规定、特殊情况及劳动者权益保护三个维度为你详细分析：
一、法律规定层面
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这一规定明确了标准工时的上限，旨在保护劳动者的休息权益。同时，《劳动法》第四十一条进一步指出，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。因此，未经法定程序批准或超出法定时长的12小时工作制，直接违反了劳动法的强制性规定。
二、特殊情况下的合法性边界
尽管存在上述限制，但在特定情形下可能允许延长工作时间：
紧急生产任务：当企业面临突发订单、设备抢修等紧急情况，需通过民主程序（如职工代表大会）制定临时加班方案，且必须支付不低于工资150%的加班费。但即便如此，每日延长的工作时间也受到严格限制，不得突破每日最长11小时、每月最多36小时的法定红线。
特殊行业豁免：交通运输、渔业捕捞等行业可申请不定时工作制审批，但需确保员工每周至少休息一天，并通过轮班制分散连续作业时长。在此制度下，上班12小时不一定违法，但需确保职工整体工作时间和休息权益得到保障。
协商一致原则：所有延长工时安排必须与工会或员工达成书面协议，明确加班期限、补偿标准及健康保障措施。但同样需遵守每日最长11小时、每月最多36小时的法定限制，任何突破该界限的安排均构成违法。
三、劳动者权益保护
若遭遇超时用工，劳动者可通过以下方式维护权益：
证据固定：保存考勤记录、工资条、加班通知等书面材料，必要时通过录音录像留存现场证据。
内部协商：优先向人力资源部门反映问题，要求调整工时并补发加班费。
行政投诉：向当地劳动保障监察机构提交举报材料，执法部门将依法开展调查并要求企业整改。
司法救济：对仲裁结果不服的，可在法定期限内向法院提起诉讼，主张未付加班费等经济赔偿。
总结：工作时间超过12个小时是否违法，需根据具体情况判断。在一般情况下，违反《中华人民共和国劳动法》关于工作时间的规定，是违法的。但在特定情况下，如特殊行业实行不定时工作制或综合计算工时工作制，并经过合法审批，或者依法延长工作时间，则可能不构成违法。不过，无论何种情况，用人单位都应严格遵守劳动法的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。如果你在工作中遇到了超时用工的情况，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。