结论前置：以绩效考核变相扣工资是否合法，需视具体情况而定。在符合法律法规和劳动合同约定的条件下，绩效考核扣工资是合法的；但若违反相关法律法规或劳动合同约定，则属于非法行为。
合法情况分析
明确的规章制度与民主程序：
- 用人单位必须依法制定绩效考核制度，且该制度需经过职工代表大会或全体职工讨论，确保制度的合理性和公正性。这一过程中需充分听取并考虑员工意见，规章制度应明确规定绩效考核的标准、方式及绩效工资扣减的具体情形和比例。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条第二款规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
劳动合同中的明确约定：
- 劳动合同中应明确载明绩效工资与绩效考核结果的挂钩关系，包括具体的挂钩方式和扣减情形。若劳动合同中有此类约定，且用人单位能证明员工绩效未达标，则按照合同约定扣减绩效工资通常是合法的。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
合理的绩效考核标准与证据支持：
- 绩效考核标准应设定得合理、明确，不超出员工正常能力范围，且易于理解和执行。用人单位需有充分的证据证明员工的绩效确实未达到考核标准，如员工签字确认的绩效评估表、工作任务完成记录等。
扣除后工资不低于最低工资标准：
- 即使扣除绩效工资，劳动者的工资收入也不得低于当地最低工资标准，这是保障劳动者基本生活权益的重要底线。
- 法律依据：《劳动保障监察条例》第二十六条规定，用人单位支付劳动者的工资低于当地最低工资标准的，由劳动保障行政部门责令限期支付差额，并可能加付赔偿金。
非法情况分析
缺乏制度依据或未经民主程序：
- 若用人单位没有相关的绩效考核制度，或虽有制度但未经法定的民主程序制定，则随意以绩效考核为由扣绩效工资是不合法的。
考核标准不合理或不明确：
- 绩效考核标准若设定得过于苛刻、不合理，或模糊不清，使员工无法明确知道如何达到考核要求，则以此为依据扣减绩效工资是不合法的。
滥用绩效考核扣工资：
- 用人单位不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资，如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣绩效工资，这种行为是违法的。
劳动合同或规章制度无相关约定：
- 若劳动合同或企业规章制度中没有明确约定绩效工资，或用人单位单方面从原有固定工资中拆分出一部分作为绩效工资，则无权以绩效考核为由扣除绩效工资。
法律建议与救济途径
- 员工权益保护：若认为用人单位绩效考核扣绩效工资的行为不合法，首先应尝试与用人单位进行协商沟通，要求明确绩效工资的计算方式和扣除依据。
- 投诉与仲裁：协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。劳动监察部门将对公司行为进行调查处理，保障员工合法权益。
- 法律诉讼：在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需提供充分证据支持自己的主张，如劳动合同、工资单、绩效评估记录等。法院将根据事实和法律规定作出公正裁决。
总结：以绩效考核变相扣工资是否合法，需根据具体情况判断。用人单位应严格遵守相关法律法规和劳动合同约定，确保绩效考核制度的合法性和合理性。同时，员工也应积极维护自己的合法权益，通过合法途径寻求救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。