企业查案底是否合法，需分情况讨论：
合法情形：
- 特定行业或岗位：根据相关法律法规，对于某些特殊行业或岗位（如金融、教育、医疗、安保等），由于职业特性对从业人员的道德品质有较高要求，相关法律法规可能允许用人单位在招聘过程中进行背景调查，包括查询犯罪记录。但即便如此，也必须遵循严格的程序和规定，如要求应聘者提供无犯罪记录证明，该证明通常需要应聘者向户籍所在地的派出所申请，并由派出所出具。这是了解应聘者是否有犯罪记录的合法且常见的方式。
- 已入职员工：对于已经录用的员工，如果公司基于工作岗位的性质和要求，认为有必要了解员工的犯罪记录情况，可以通过制定公司规章制度，明确告知员工有提供无犯罪记录证明的义务。若员工拒绝提供，公司可以根据规章制度进行相应处理，如调岗或解除劳动合同。但在此过程中，公司应确保规章制度的合法性，并充分尊重和保护员工的隐私权。
- 法律授权或员工同意：如果公司基于法律规定或获得了员工的明确授权进行查询，则行为合法。例如，在涉及国家安全、公共安全等特殊情况下，法律可能授权公司进行必要的背景调查。
不合法情形：
- 无法律依据且未获授权：在无法律依据且未获员工授权的情况下，公司私自查询员工案底，构成对员工隐私权的侵犯。员工的案底，即犯罪记录，属于个人隐私信息，受到法律的严格保护。根据相关法律法规，派出所对于公民案底信息的查询有严格的规定和审批程序，只有在特定的法定情形下，相关单位和部门经过合法手续才可以查询。
- 违反程序规定：即使公司有权查询员工案底，也必须遵循严格的程序和规定。如果公司未按照法定程序进行查询，如未经审批擅自查询、未告知员工查询目的等，也可能构成违法行为。
若企业不合法查询案底，员工可采取以下措施维护自身权益：
- 明确反对与沟通协商：员工应首先向公司明确表示反对私自查询案底的行为，并要求立即停止。尝试与公司人力资源部门或管理层沟通，了解查询原因，表达担忧和不满，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向相关部门投诉：若公司行为涉嫌违反《劳动法》、《个人信息保护法》等法律法规，员工可向当地劳动监察部门投诉，并提交相关证据材料。劳动监察部门将依法进行调查处理，并保护员工的合法权益。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如投诉未能解决问题，员工可在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内，向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不满意时，员工可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，要求公司承担法律责任并赔偿损失。
在维权过程中，员工还需注意以下事项：
- 保留证据：员工应妥善保留与公司沟通的记录、邮件、聊天记录、通话录音等证据，以备后续使用。这些证据将有助于证明公司的违法行为和员工的权益受损情况。
- 保护隐私：在维权的同时，员工也应注意保护自己的个人信息和隐私，避免受到进一步侵害。例如，不要随意向他人透露自己的犯罪记录情况或维权进展等敏感信息。
- 合法合规：所有维权行为均应在法律框架内进行，确保合法合规。员工应了解相关法律法规和维权程序，避免采取过激或违法的行为来维护自己的权益。
综上所述，企业查案底是否合法需分情况讨论。若企业不合法查询案底，员工应明确反对并采取适当的维权措施以保护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。