若发现土地承包合同被书记私自修改，您有权采取以下法律措施维护自身权益：

1. 立即核实合同修改的合法性
   根据《农村土地承包法》第22条，承包合同自成立之日起生效，任何修改需经发包方（如村委会）与承包方（您）协商一致，并签订书面变更协议。若书记未经您同意擅自修改合同，属于违法行为。您可要求其出示修改依据（如村民会议决议、您的书面同意书等），若无法提供，则修改无效。

2. 固定证据并启动维权程序

   • 证据收集：保留原始合同、修改后的合同文本、修改时间记录（如签字日期、盖章时间）、与书记沟通的录音/聊天记录等。
     
   • 投诉举报：向乡镇政府或县级农业农村部门反映情况，要求调查书记的违法行为（依据《农村土地承包法》第61条，政府有权责令改正并处罚相关责任人）。
     
   • 民事诉讼：若修改导致您权益受损（如承包地被收回、租金减少等），可向法院起诉，要求确认修改无效并赔偿损失（依据《民法典》第154条，恶意串通损害他人权益的民事法律行为无效）。

3. 警惕“程序合法”的陷阱
   若书记声称修改经过村民会议或村民代表会议决议，您需核查：

   • 会议是否提前15日通知您参加？
     
   • 修改内容是否在会议中公开讨论？
     
   • 投票是否达到法定比例（如双过半）？
     若程序违法，您可依据《村民委员会组织法》第36条，申请法院撤销相关决议。

行动建议：

• 优先通过书面形式（如律师函）向村委会提出异议，明确要求恢复原合同或签订补充协议。
  
• 若协商无果，尽快委托律师介入，避免证据灭失或时效过期（民事诉讼时效为3年）。
  

土地承包合同是您的核心权益凭证，任何修改都需严格依法进行。如有进一步疑问或需要协助，可直接向我咨询具体操作流程。