工程质量保证金的比例并非固定为3%或5%，而是根据具体工程类型、合同约定及法律法规要求来确定，常见比例为3%，但部分情况下可能达到5%或其他比例。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规规定
根据《建设工程质量保证金管理办法》（建质[2017]138号）第七条的规定：
- 发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。
- 合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额同样不得高于工程价款结算总额的3%。
这一规定为工程质量保证金的比例设定了上限，即不得超过工程价款结算总额的3%。
二、实际执行情况
常见比例：
- 在实际操作中，工程质量保证金的比例通常为工程总价款的3%。这一比例既符合法律法规的要求，也能在一定程度上保障发包人的权益。
特殊情况：
- 对于某些特殊类型的工程项目，如基础设施工程、大型公共建筑等，由于工程风险较高，发包人可能会与承包人协商确定更高的保证金比例，如5%。但这需要双方在合同中明确约定，并且不得超过法律法规规定的上限（在此情况下，上限为3%，但若存在其他更高限制规定，则需遵循具体规定）。
- 在一些政府投资项目中，为了加强对工程质量的监管和保障，可能会要求承包人缴纳一定比例的工程质量保证金，具体比例也会根据项目特点和实际情况来确定。这种情况下，比例可能会因项目而异，但同样需要遵守相关法律法规的规定。
三、法律建议
- 合同约定优先：在签订工程合同时，双方应明确约定工程质量保证金的比例、支付方式、返还条件等条款，以避免后续纠纷。
- 遵守法律法规：在确定工程质量保证金比例时，应严格遵守相关法律法规的规定，不得超过法定上限。
- 考虑项目特点：对于特殊类型的工程项目或政府投资项目，应根据项目特点和实际情况合理确定保证金比例，以平衡发包人和承包人的权益。
若您在工程质量保证金方面遇到具体问题或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。