针对农村养殖场占用耕地的情况，我们需要根据养殖场的合法性和土地使用情况来采取不同的处理措施。以下是对此问题的详细解答：
一、合法合规建设的养殖场
如果养殖场是合法合规建设的，即已经按照相关规定办理了用地审批手续，且符合土地利用总体规划和养殖规划等要求，那么这样的养殖场无需额外处理。但养殖场在建设和经营过程中，仍需严格遵守环保、动物防疫等方面的法律法规，确保养殖活动的合法性和可持续性。
二、未经审批或违规建设的养殖场
对于未经审批或违规建设的养殖场，我们需要依法采取相应措施：
不符合规划或未经审批：
- 自然资源部门有权责令擅自改变耕地用途建设养殖场的当事人停止违法占地行为。
- 对于不符合土地利用总体规划、严重破坏耕地耕作层的养殖场，应限期拆除并恢复土地原状。
- 对于符合规划但未经审批的养殖场，可责令补办手续并进行整改，确保用地合法合规。
违反环保规定：
- 环保部门应责令造成环境污染的养殖场进行整改，建设必要的环保设施，如污水处理系统、粪便处理设施等，确保养殖废弃物达标排放。
- 对于整改不力或污染严重的养殖场，环保部门可依法处以罚款，情节特别严重者可能吊销养殖许可证或追究法律责任。
占用基本农田：
- 基本农田受到严格保护，严禁在其上建设养殖场。若发现此类情况，必须坚决拆除并恢复农田原状。
- 相关责任人可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等，甚至可能承担刑事责任。
三、处理建议与措施
了解法律法规：
- 在处理农村养殖场占用耕地的问题前，应充分了解国家关于土地使用和养殖场建设的相关法律法规，确保处理措施的合法性和合理性。
沟通与教育：
- 与养殖场负责人进行沟通，了解其占用耕地的原因和情况，解释相关法律法规和政策要求。
- 加强宣传教育，提高当事人的法律意识和环保意识，引导其自觉遵守法律法规，保护耕地资源。
综合处理方式：
- 对于历史遗留问题或政策调整导致的养殖场占用耕地情况，应综合考虑历史背景和政策变化，采取灵活合理的处理方式。
- 可与当地政府协商，寻求政策支持或补偿方案，如提供其他合适的土地用于养殖场建设、给予一定的经济补偿等。
法律援助与诉讼：
- 若无法通过协商解决问题，或养殖场行为已严重损害公共利益和他人合法权益，可考虑寻求法律援助或向法院提起诉讼。
- 通过法律途径维护自身权益，确保问题得到公正、合理的解决。
综上所述，处理农村养殖场占用耕地的问题需要综合考虑多种因素，包括法律法规、政策要求、历史背景及当事人实际情况等。在确保合理性和合法性的前提下，我们应采取相应措施妥善解决问题，促进农业和农村经济的健康发展。同时，也建议广大养殖户在建设和经营过程中务必遵守法律规定，保护耕地资源，实现可持续发展。