化工厂实行两班倒的工作制度是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
从工作时间和休息休假的角度来看：
- 根据《劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果化工厂的两班倒制度导致劳动者每日工作时间超过8小时，或者平均每周工作时间超过44小时，且没有依法支付加班费或安排补休，那么这种工作制度就可能违反了《劳动法》的规定。
- 同时，《劳动法》也规定了劳动者享有休息休假的权利。如果两班倒制度严重影响了劳动者的休息和休假，导致劳动者无法得到充分的休息，那么这种制度也可能被视为不合法。
从特殊工时制度的角度来看：
- 某些行业或岗位，由于生产特点或工作性质的需要，可能无法实行标准工时制度。在这种情况下，用人单位可以依法申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制等特殊工时制度。
- 如果化工厂的两班倒制度属于特殊工时制度的一部分，并且已经依法获得了相关部门的批准，那么这种制度就是合法的。但即便如此，用人单位也需要确保劳动者的休息休假权利得到保障，并依法支付加班费或安排补休。
从劳动合同和集体合同的角度来看：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中，应当明确约定工作时间、休息休假等条款。如果劳动合同中明确规定了两班倒的工作制度，并且该制度不违反法律法规的强制性规定，那么这种制度就是合法的。
- 同样地，如果用人单位与劳动者签订了集体合同，并且集体合同中也对工作时间、休息休假等条款进行了约定，那么这些约定也应当作为判断两班倒制度是否合法的依据。
建议：
- 对于劳动者来说，如果认为化工厂的两班倒制度违反了法律法规或劳动合同、集体合同的约定，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位来说，应当严格遵守相关法律法规的规定，合理安排劳动者的工作时间和休息休假，确保劳动者的合法权益得到保障。如果需要实行特殊工时制度，应当依法申请并获得相关部门的批准。
总结：化工厂的两班倒制度是否合法，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。