结论：已经发放的补助是否需要退还，需根据补助的性质、发放依据以及是否存在法定或约定的退还情形来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 补助性质与发放依据

• 法定补助：若补助属于法定福利（如高温津贴、加班费等），用人单位无权要求退还，除非存在多发、错发或员工违反法定义务（如严重违纪）等情形。
• 约定补助：若补助基于劳动合同、规章制度或集体合同约定（如交通补贴、餐补等），需审查约定条款。若约定中明确退还条件（如离职时需退还未使用部分），则员工可能需按约定退还；若无明确约定，用人单位无权单方面要求退还。

2. 法定退还情形

• 多发或错发：根据《工资支付暂行规定》，用人单位因计算错误或故意多发工资时，有权要求员工退还多付部分。补助若属于此类情形，员工需退还。
• 员工违约或违法：若员工因严重违纪、违法或违反保密义务等给用人单位造成损失，用人单位可依据《劳动合同法》第90条要求赔偿，但需通过法律程序主张，而非直接扣减补助。
• 附条件补助：若补助发放时附条件（如服务期协议），员工未履行条件时，用人单位可依据《劳动合同法》第22条要求返还部分补助（如培训费用），但需按未履行服务期比例折算。

3. 用人单位要求退还的合法性

• 程序合法性：用人单位要求退还补助时，需提供充分证据（如发放记录、约定条款、员工违约证明等），并通过书面通知或协商解决。若直接扣减工资，可能违反《工资支付暂行规定》第15条（不得克扣工资，除非法定情形）。
• 争议解决：若员工拒绝退还，用人单位可通过劳动仲裁或诉讼主张权利，但需承担举证责任。员工若认为要求不合理，可申请劳动仲裁反驳。

4. 员工应对建议

• 核实依据：要求用人单位提供补助发放的书面依据（如合同、制度、通知等），明确补助性质及退还条件。
• 协商沟通：若认为要求不合理，可与用人单位协商，要求说明退还理由及法律依据。
• 法律途径：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身权益。

示例：

• 若公司发放的交通补贴在劳动合同中明确约定“离职时需退还未使用部分”，且员工未使用完，则需按约定退还。
  
• 若公司以“员工违纪”为由要求退还已发放的高温津贴，但无法提供违纪证据，则员工可拒绝退还。

提示：补助退还问题需结合具体事实和证据判断，建议根据实际情况进一步向我咨询，以便更精准地分析风险及应对策略。