医疗期的确定部门主要是用人单位，但需依据劳动保障部门制定的相关规则执行。具体分析如下：

1. 用人单位的确定权
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》（劳部发〔1994〕479号），医疗期的具体计算方式（如根据本人实际工作年限和在本单位工作年限给予3-24个月）由用人单位根据劳动者的工作年限确定。例如，工作5年以下的员工医疗期为3个月，5-10年的为6个月，以此类推。

2. 劳动保障部门的规则制定权
   医疗期的核心标准（如工作年限与医疗期时长的对应关系）由省级劳动保障部门通过规范性文件明确。例如，部分省份可能细化规定：连续工龄10年以上的员工，在本单位工作5年以下的医疗期为6个月，5-10年的为9个月等。用人单位需严格参照当地规则执行。

3. 特殊情形的处理

   • 争议解决：若劳动者对医疗期时长有异议，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，由仲裁机构依据法规和地方政策裁决。
     
   • 特殊疾病：对某些特殊疾病（如癌症、精神病等），部分地区规定可适当延长医疗期，具体由地方劳动保障部门或用人单位结合医疗证明确定。

建议：若您或您所在单位涉及医疗期争议，可提供具体工作年限、地区及疾病类型，我可进一步分析当地政策并给出操作建议。